Die tak van industriële microbiologie betrokken met textielstoffen. Meeste van de micro-organismen op textiel — de schimmels, Actinomyceten en bacteriën — zijn afkomstig uit de lucht, bodem en water. Sommige van de micro-organismen zijn schadelijk voor de vezels of de consument. Ze kunnen ontleden de cellulose of van eiwitten in de vezel of invloed hebben op de gezondheid van de consument. Aangezien het minimale vochtgehalte voor ontwikkeling van micro-organisme 7%, droge opslag is is een doeltreffende preventieve maatregel. Sommige van de micro-organismen zijn nuttig, bijvoorbeeld in de roting proces, waarin vezels zijn bevrijd van de stengels van dergelijke installaties, zoals vezels zoals vlas, hennep en jute.