Een voorwaarde van schildklierhormoon deficiëntie aanwezig bij de geboorte. Ongeveer 1 in 4000 pasgeboren baby heeft een ernstige tekortkoming van de schildklier functie, terwijl nog meer milde of gedeeltelijke graden hebben. Indien onbehandeld voor verscheidene maanden na de geboorte, Congenitale hypothyreoïdie kan leiden tot verstandelijke beperking zoals permanente mentale retardatie en abnormale groei. In de Verenigde Staten en veel andere landen, alle pasgeborenen worden getest voor congenitale hypothyreoïdie. Als behandeling in de eerste maand begint na de geboorte, zuigelingen meestal ontwikkelen normaal.

Behandeling meestal bestaat uit een dagelijkse dosis van schildklierhormoon (thyroxine) door de mond. Omdat de behandeling eenvoudige, effectieve en goedkope is, bijna alle van de ontwikkelde wereld praktijken pasgeboren screening te detecteren en congenitale hypothyreoïdie behandelen in de eerste weken van het leven.