Runen is een van de kenmerken van de Shadowhunters die ook wel bekend als de merken. Shadowhunters kinderen hebben permanente merken die aantonen dat hun erfland Shadowhunters. Het merk kan worden aan de rechterkant of linkerhand hangt af of ze rechtshandig of linkshandig zijn. De runen heten ook the Angel's merken aangezien zij door de Angel Raziel zijn begaafd. Runen hebben grote macht en kan worden gebruikt om te doen groot in een gevecht. Runen zijn bedoeld om te helpen Shadowhunters door het geven van extra macht. Er zijn vele soorten van runes en opgenomen in een boek genaamd the Gray Book. Er zijn runen voor genezing, kracht, onzichtbaarheid, toenemende snelheid en enzovoort. Shadowhunters kinderen dragen hun eerste mark wanneer ze twaalf zijn. Runen kunnen alleen worden gemarkeerd om te Shadowhunters. Mundanes en demonen kunnen niet dragen de runen. Zij kunnen sterven als ze proberen te gebruiken van de runen op hen. Sommige runen zijn permanent, sommige vervagen na wordt gebruikt en het verlaten van een zilveren sjaal in de huid. Runen zijn getekend met een stele.