Een gekleurde, organische verbinding, meestal genoemd kleurstof, gebruikt om vlekken van weefsels, cellen, cel componenten of celinhoud. De kleurstof kunnen natuurlijke of synthetische. De gekleurd object heet het substraat. De kleine grootte en transparantie van micro-organismen maken hen moeilijk om te zien zelfs met de hulp van een high-power Microscoop. Staining vergemakkelijkt de observatie van een substraat door de invoering van verschillen in optische dichtheid of in lichte absorptie tussen het substraat en haar surround of tussen verschillende delen van de dezelfde substraat. In elektronenmicroscopie, en soms in de lichte microscopie (zoals in de zilveren impregnatie techniek van kleuring flagellen of capsules), kleuring is bereikt door storten op het substraat ultraphotoscopic deeltjes van een metalen zoals chroom of goud (de zogenaamde shadowing proces); of kleuring wordt gedaan door de behandeling van het substraat met oplossingen van metalen verbindingen zoals uranyl-acetaat of phosphotungstic zuur. Dit soort kleuring wordt niet behandeld in dit artikel.