Een vorm van VNTR (q.v.). In het bijzonder een segment van DNA wordt gekenmerkt door de aanwezigheid van een variabel aantal exemplaren (van een paar tot 30 of zo) van een reeks van rond 5 of minder bases (genaamd een herhalen eenheid q.v.). A typische microsatelliet is de herhalen eenheid AC, die op ongeveer 100 000 verschillende plaatsen in een typische genoom van zoogdieren optreedt. Op één site (locus), zijn er meestal meerdere verschillende "allelen," elk identificeerbare volgens het nummer herhalen eenheden. Deze allelen kunnen worden gedetecteerd door PCR (q.v.), gebruikend inleidingen van de unieke volgorde die is gelegen aan weerszijden van de microsatelliet ontworpen. Wanneer het PCR product wordt uitgevoerd op een elektroforetisch gel allelen worden gezien te verschillen in lengte in eenheden gelijk is aan de grootte van de Herhaal eenheid, bijvoorbeeld als de inleidingen komen overeen met de unieke reeks onmiddellijk aan beide zijden van de microsatelliet en zijn elke 20 baseert lang, en een individu is heterozygoot voor een AC microsatelliet met één bestaande uit 5-allel herhaalt en de andere bestaande uit 6 wordt herhaald, de heterozygote zal vertonen twee bands op de gel, een band wordt 20 + (2 × 5) + 20 = 50 baseert lang, en het andere allel wordt 20 + (2 × 6) + 20 = 52 lange baseert. Microsatellites de standaard DNA markering zijn geweest: ze zijn gemakkelijk aantoonbaar door PCR, en ze de neiging te worden gelijkmatig verspreid over het genoom. Duizenden in veel verschillende soorten zijn toegewezen.