De situatie als een continu habitat heeft worden onderverdeeld in aparte, vaak geïsoleerd kleine patches afgewisseld met andere habitats. Kleine fragmenten van habitats kunnen alleen kleine populaties van fauna ondersteunen en deze zijn kwetsbaarder voor uitsterven. De patches kunnen zelfs niet bewoonbaar per soort bezetten de oorspronkelijke onverdeelde habitat. De versnippering ook vaak belemmert soorten van immigreren tussen populaties.

Habitatfragmentatie stengels van geologische processen die langzaam veranderen de lay-out van het fysieke milieu of de menselijke activiteiten zoals land clearing, huisvesting, stedelijke ontwikkeling en bouw van wegen of andere infrastructuur. Bijwerkingen zijn soms niet onmiddellijk merkbaar en voldoende habitats ogenschijnlijk kunnen worden gehandhaafd. Echter inteelt, gebrek aan gebieden en gebrek aan voedsel zijn enkele van de problemen van kleine populaties kunnen. Versnippering van habitats derhalve naar verwachting leiden tot verlies van soortenrijkdom op de langere termijn.