Een ziekte waarin het immuunsysteem, natuurlijk ontworpen om te beschermen het lichaam tegen buitenlandse invallers zoals virussen en bacteriën, in plaats daarvan keert zich tegen en veroorzaakt schade aan gezonde weefsels van het lichaam. Het immuunsysteem is een complexe organisatie binnen het lichaam dat normaal is ontworpen om "seek and destroy" indringers van het lichaam, met inbegrip van infectieuze agentia. Patiënten met auto-immune ziekten hebben vaak ongewone in hun bloed circulerende antilichamen die gericht zijn op hun eigen lichaamsweefsels.

Voorbeelden van auto-immune ziekten zijn systemische lupus erythematosus, syndroom van Sjögren, Hashimoto thyroiditis, reumatoïde artritis, jeugddiabetes (type 1), polymyositis, sclerodermie, Addison ziekte, vitiligo, pernicieuze anemie, glomerulonephritis en longfibrose.

Auto-immune ziekten zijn vaker bij vrouwen dan bij mannen. Men is van mening dat het oestrogeen voor vrouwen invloed op het immuunsysteem hebben kan te sommige vrouwen predisponeren auto-immune ziekten. Bovendien, de aanwezigheid van een auto-immune ziekte verhoogt de kans voor een ander gelijktijdige auto-immune ziekte te ontwikkelen.