Mewtwo is een van de eerste Pokémon gemaakt door wetenschap. Van de wetenschappers die het gedroomd van het creëren van's werelds sterkste Pokémon gemaakt. Het wordt alom beschouwd als uniek, omdat slechts één genetisch is gemaakt. Dit heeft echter nog volledig worden bevestigd.

Mewtwo is een schepsel met een humanoïde houding, maar heeft een paar katachtige functies. Mewtwo het lichaam is grijs-paars met een paarse onderkant en een lange, paars staart. Mewtwo heeft drie circulaire cijfers op elke aanhangsel. Heeft het paarse ogen (soms blauw als aanvallen) en twee korte oren.

Een van Mewtwo de meest opvallende kenmerken is de uitbreiding van de achterkant van haar schedel aan haar ruggengraat buis. Is het waarschijnlijk een secundaire ruggenmerg, of een systeem van zenuwen, waardoor een verhoogde hoeveelheid bloed en sensorische transmissie naar de hersenen, verhoogde de psychische krachten.