Situación na que un hábitat se divide e dá lugar a hábitats separados. Estes novos hábitats son polo xeral pequenas áreas illadas que se alternan con outros hábitats. Os pequenos fragmentos de hábitats só poden albergar pequenas poboacións de fauna, polo que son máis vulnerables á extinción. Estas áreas pode que nin sequera sexan habitadas polas especies que ocupan o hábitat orixinal sen dividir. A fragmentación tamén lles impide con frecuencia ás especies migrar dunha poboación a outra.

A fragmentación do hábitat ten a súa orixe en procesos xeolóxicos que alteran paseniñamente a composición do medio ou en actividades humanas como a deforestación, a construción de vivendas, o desenvolvemento urbano ou a construción de estradas ou outras infraestruturas. Os efectos adversos non son ás veces perceptibles de forma inmediata e bastantes hábitats poden aparentemente sosterse. Con todo, a endogamia, a falta de territorios e a escaseza de alimentos son algúns dos problemas cos que as pequenas poboacións se poden atopar. Polo tanto, espérase que a fragmentación do hábitat sexa un dos principais causantes da perda da diversidade de especias a longo prazo.